al3101961 (al3101961) wrote,
al3101961
al3101961

Categories:

Очень интересно...много букв про ковид...(2)

Александра Новосёлова

...Поразительно, что ковид продолжает оставаться в этом списке инфекций, особо опасных для лабораторной работы, несмотря на подтвержденное абсолютное число бессимптомных и легко болеющих этим заболеванием.

Однако, его родственник SARS CoV-1 в 2002-2003 г.г. на самом деле уносил жизни каждого десятого заболевшего. Давайте сравним требования к лабораторной диагностике этой инфекции в 2004 году от Минздрава РФ с нынешней диагностикой covid-19.
Департамент Госсанэпиднадзора Минздрава РФ в документе от 03.05.2003 «Временные методические рекомендации по лабораторной диагностике "атипичной пневмонии" (SARS) методом ПЦР" и в документе от 04.03.2004 г. в Методических указаниях 1.3.1877-04 о «Порядке сбора и проведения лабораторного анализа биологического материала от больных (и умерших) пациентов с подозрением на тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС)» - рассказывает о том, что пробы от больных нужно исследовать методом ПЦР.
Однако, не просто одним мазком из носоглотки, как нынче по ковиду - отправляя всех по одному и тому же результату в «заболевшие», а рекомендует использовать как минимум ТРИ ВИДА клинического материала: мазок из носоглотки (или смыв из носоглотки), мокроту и фекалии. Дополнительно также может быть исследована плазма крови. Каждую пробу клинического материала тестируют ТРЕХКРАТНО. Т.е. всего 9 тестов ПЦР на одного исследуемого.
Далее, рекомендации содержат указания о серологических методах обнаружения в крови пациента антител к вирусу: исследование методом ИФА с тестированием сывороток, взятых на 10, 20 и 30 дни заболевания. Результат считают положительным при выявлении СЕРОКОНВЕРСИИ ( смена отрицательного результата на положительный) или УВЕЛИЧЕНИИ ТИТРА антител в фазе реконвалесценции не менее чем в 4 раза по сравнению с острой фазой.
А отнюдь не однократное получение IgG на коронавирус у исследуемого, как это предлагается сейчас.

И если какое-то из исследований дало положительный результат на этапе верификации — пробы отправляют в ЦСДЛ для проведения ВИРУСОЛОГИЧЕСКОГО исследования.
Потому что (цитата): « полученный методом ПЦР положительный результат с одной или с двумя парами праймеров не является безусловным доказательством наличия вируса SARS, а проба от данного больного подлежит направлению в специализированный центр для проведения подтверждающего анализа».

Можно сказать — образцовые научно-практические рекомендации. То что очевидно следует делать при диагностике новой инфекции.

Почему же они не повторились дословно в случае с covid-19 - ?
Ответ очень прост.

Для изучения ТОРС ( он же SARS CoV-1) были привлечены 13 лабораторий из 9 стран для проведения объединённых исследований этого заболевания. В качестве приоритетных задач ставилось определение этиологического агента, и затем на основании этого – разработка диагностических тест-систем.
16 апреля 2003 года ВОЗ было объявлено, что этиологическим агентом "атипичной пневмонии" является новый патоген, вирус SARS относящийся к семейству коронавирусов, но не родственный ни одному из известных штаммов этого вируса .
В результате тесного сотрудничества ученых из лабораторий разных стран , начатые работы по диагностике возбудителя очень быстро выявили НЕСООТВЕТСТВИЯ между результатами, полученными Канадской национальной микробиологической лабораторией и Гонконгской группой исследователей.
Так, по данным китайских ученых в 90 % вероятных случаев ТОРС (SARS) присутствовал SARS-связанный коронавирус, при отсутствии его следов у здоровых лиц контрольной группы. Ни одна из проб секрета дыхательных путей, взятых от пациентов с другими респираторными заболеваниями, не содержала РНК коронавируса, и ни один из 200 образцов сывороток, взятых от доноров крови, не содержал сывороточных антител к этому новому коронавирусу.
Напротив, по данным канадской группы SARS-связанный коронавирус выявлялся приблизительно у 20 % из 250 человек без подозрения на ТОРС (SARS), которые были протестированы, так как они приехали в Канаду из зараженных областей Азии или имели незначительные симптомы, которые не считались симптомами ТОРС (SARS).
И у чуть менее чем половины заболевших в 4 госпиталях Торонто SARS-связанный коронавирус НЕ выявлялся, при очевидных клинических признаках атипичной пневмонии
http://20.rospotrebnadzor.ru/documents/ros/ukaz/152/print/

Возникла необходимость срочно объяснить это несоответствие, так как оно ставило под сомнение чувствительность, специфичность и уместность применяемых диагностических ПЦР тестов. Потому что вирусов, вызывающих острую пневмонию, известно не так уж мало: это и РСВ, и хантавирусы, и аденовирусы и др. Возбудителями пневмонии могут быть также грибы и бактерии, а, кроме того, в разных странах роль этих возбудителей в этиологии ТОРС может быть разной.

При доказательстве этиологической роли коронавируса SARS как возбудителя "атипичной пневмонии" - все исследования в 13 лабораториях проводились с учетом модифицированных для вирусных инфекций постулатов Коха: возбудитель должен обнаруживаться у всех больных с данным заболеванием; он должен быть выделен у пациента и культивирован в чистой культуре, и инфекционный материал должен воспроизводить болезнь у других организмов, с подъемом уровня специфических антител после заражения.

И на этом этапе исследование забуксовало.
Грубо говоря, независимые исследователи сообщили о том, что коронавирус выявляется тогда, когда человек клинически ничем не болен.
И наоборот, не выявляется в пробах от клинически больных атипичной пневмонией. И что в материале от пациентов был такой набор разных патогенов, что вообще трудно было понять — какой из них послужил причиной пневмонии, которую считают «атипичной».
Удивительно похожая ситуация в настоящее время с covid-2019, не находите?

ВОЗ вынуждена была заявить, что до тех пор, пока эти тесты не пройдут соответствующие полевые испытания, и их надежность не будет доказана, диагностика ТОРС (SARS) будет продолжать зависеть от клинических данных, подтверждающих, что атипичная пневмония не вызвана какой-либо другой причиной и контактом с пациентом, больным SARS.
Для улучшения процесса тестирования ТОРС (SARS) ВОЗ рекомендовало клиницистам проводить последовательный сбор образцов материала от пациентов с ТОРС (SARS) и сохранять их для тестирования до того момента, «когда станут доступными надежные диагностические тесты».
ВОЗ также отмечала, что имеется ряд лабораторных тестов, с помощью которых можно выявить, какой вирус является причиной заболевания у человека. Однако все эти тесты имеют «определенные ограничения для использования в случае необходимости ДОСТОВЕРНОГО контроля ситуации с ТОРС (SARS)».
https://www.who.int/csr/sars/testing2003_04_18/en/ Т.е. семейство вируса обнаружить можем, а тип и штамм — увы, нет.

Именно с проблемой выделения вируса и секвенирования его генома были связаны такие долгие попытки создать ПЦР-тесты для SARS, хотя согласно официальному отчету института Beijing Genomics Китайской академии наук, SARS вирус «очень быстро мутирует», и потому так трудно создать точные диагностические тесты http://www.biomedcentral.com/news/20030416/04
Таким образом, уже по опыту работы с атипичной пневмонией, вызванной SARS CoV-1 в 2003 году стало понятно, что диагностика методом ПЦР не является универсальным достоверным методом. Потому что помимо стандартных требований к материалу от больного и условиям работы с ним в лаборатории, проблема вызвана серьезными трудностями работы молекулярных биологов по поиску того самого заветного участка генома изменчивого вируса, который будет положен в основу метода ПЦР.

В материалах доклада о разработке и апробации российской тест-системы для выявления РНК коронавируса, вызывающего ТОРС, опубликованного в «Терапевтическом архиве» №4 2004 г. говорится, что биоматериал с выделенным вирусом от ЕДИНСТВЕННОГО пациента из лечебного учреждения Пекина был любезно предоставлен Военно-медицинской академией Министерства обороны Китая. Своих пациентов Россия тогда не имела, за исключением единственного Дениса Сойникова, диагноз SARS которому был поставлен распоряжением Главного санитарного врача РФ Г. Онищенко. Диагноз был поставлен под нажимом г-жи Т. Голиковой, в ту пору зам министра финансов, и вроде как на первый взгляд не имевшей никакого отношения к таким узким вопросам медицины. Однако, выделение МВФ валютных кредитов в т.ч. для нашей страны, напрямую было связано с поддержанием политики ВОЗ и ООН в отношении актуальной темы — борьбы с новой коронавирусной инфекцией.
Тем не менее, более пациентов с ТОРС в России на ту пору 2002-2003 г.г. не наскреблось, по всей видимости ввиду отлаженного лабораторного дела и еще пока существующей на ту пору независимой санэпидслужбой , еще до ее кончины и преобразования в Роспотребнадзор.
В этой же работе настойчиво отмечался приоритет метода ПЦР, как метода с меньшим риском заражения персонала, чем при культуральных методах исследования для особо опасных инфекций. Мысль развивалась до того, что можно вообще обойтись без выделения вируса на культуре , если точно определить уникальную последовательность участка генома, характерную для конкретного вируса и подходящей для дальнейшей синтетической работы в тесте.

Испытания российской тест-системы ПЦР SARS в 2004 г. на пациентах с ПРЕДПОЛАГАЕМЫМ диагнозом ТОРС также прошли на базе Пекинского института микробиологии и эпидемиологии, который предоставил ВОЗ результаты исследований, категорически расходящиеся с результатами ученых Канады, США и Сингапура.
Специфичность устанавливали по сравнению с вирусами ОРВИ (включая иные штаммы коронавирусов) и ОКИ ( острыми кишечными инфекциями).
Т.е. говоря простыми словами, специфики диагностики именно вируса SARS CoV-1 по сравнению с другими известными коронавирусами добиться не удалось, хотя авторы методики утверждали обратное.

Поразительным является тот факт, что еще 25 марта с.г. специалисты ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора сообщили, что они разработали «высокоточный тест» для диагностики коронавируса COVID-19. И что этот тест якобы позволяет как выявить новый коронавирус, так и дифференцировать его от других родственных вирусов, и что тест якобы «успешно прошел клинические испытания».
Каким образом это удалось сделать специалистам Роспотребнадзора в отсутствии необходимых исследований на пациентах с SARS СoV-1 и МERS — остается загадкой, т. к. помимо того, что у российских пациентов вирус COVID-19 не выделялся культуральным методом, вся работа во всех странах создателей тест-систем методом ПЦР впервые в истории лабораторного дела — ведется абстрактно НА ФАНТОМЕ.

Разработчикам теста вместо выделенного изолята вируса от пациента предложена формула : расшифрованный в январе китайцами самый первый геном covid-19 — он выложен в бесплатную сеть GenBank ( это проект NCBI - Центрального института обработки и хранения данных молекулярной биологии США).
И хотя уже в феврале 2020 года стало известно , что геномов covid-19 с учетом мутаций более тридцати типов ( на сегодняшний день известно более 3,5 тысяч типов генома covid-19), тем не менее, все остальные, кроме самого первого, находятся под эмбарго в GISAID ( организация созданная в 2006 году - Global Initiative on Sharing All Influenza Data «Глобальная инициатива по обмену всеми данными по гриппу»). GISAID обеспечивает публичный доступ к полной коллекции данных генетических последовательностей вирусов гриппа и связанных с ними клинических и эпидемиологических данных через свою базу. Эта организация создавалась в целях обеспечения самого широкого доступа исследователей к научным данным , полученным учеными всего мира. Инициатива была предложена , чтобы обойти ограничения правообладателей, которые ранее специально препятствовали обмену информацией о птичьем гриппе. Декларировалась надежда, что широкий доступ к данным поможет исследователям быстрее и на благо всех понять, как вирусы распространяются, развиваются и потенциально могут стать пандемией.

Однако, на деле GISAID стала монополистом и продавцом доступа к научной информации, объясняя свои действия «защитой интеллектуальной собственности ». А также — защитой интересов биологической безопасности, т. к. требовала подтвердить статус и легальность покупки ( речь идет о юридическом подтверждении права лаборатории заниматься такого рода исследованиями) - у желающих приобрести информацию.
5 мая 2020 года информационный проект Nextstrain, который объединил на одном сайте информацию о распространении и эволюции не только SARS-CoV-2, но и вирусов гриппа, лихорадок Эбола, Зика и многих других патогенов, - прекратил распространение таблицы с географическим местоположением образцов генома COVID-19. Это произошло потому, что GISAID потребовал, чтобы проект Nextstrain прекратил предоставлять доступ к этому файлу, поскольку он нарушил условия использования, которые требуют не распространять данные какой-либо третьей стороне.

Таким образом, асболютное большинство разработчиков тест-систем ПЦР не только работали с абстракцией, без тестирования систем на вирусном изоляте, но и не имели доступа к новейшим данным о геноме covid-19.
( продолжение следует).

Tags: facebook, коронавирус, системный анализ, системный отклик
Subscribe

Recent Posts from This Journal

  • Post a new comment

    Error

    Comments allowed for friends only

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 0 comments